具体到诉讼实务中有以下两种情况：
第一种是否定说。该观点认为该抵押合同无效。以房屋抵押时，不能将房屋所有权与土地使用权相剥离。而农村房屋所占用的是集体土地使用权中的宅基地，是«担保法»明文规定不能抵押的财产之一。由此可见，如以农村房屋提供抵押，则把房屋所有权与土地使用权剥离了开来，与法不符，该抵押无效。
首先，我国实行“房地一体”原则，处分农村房屋，必然涉及该房屋所占用范围内的农村宅基地，而宅基地属于集体所有，此种使用权不得用于抵押。
其次，农村房屋用于抵押，一旦债务人不能清偿债务，债权人行使抵押权时必然涉及该房屋占用范围内的宅基地使用权，这就可能损害农村集体的利益。再次，«最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定»第６条规定:“对被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，人民法院可以查封，但不得拍卖、变卖或者抵债。”据此，用农村房屋设定抵押，债权人实现抵押权也存在障碍。当前我国农村的社会保障体系尚不健全，宅基地对于农村村民具有强烈的社会保障性质。我国农村村民一户只能拥有一处宅基地，如果将宅基地上的房屋进行抵押，抵押权实现后，抵押人(即农村村民)可能会居无定所，不利于农村社会稳定。
第二种是肯定说。该观点认为该抵押合同有效。农村房屋所占用的宅基地与城镇房屋所占用的国有土地有其共通性，即使用权人仅有占有、使用、收益的权利，没有所有权。地上附着物设立抵押权，并不影响土地所有权。
首先，农村房屋抵押权支配的是抵押物的交换价值而非抵押物本身。
其次，农村房屋抵押应当有效。根据，农村村民出租或出售宅基地上所建住宅，再申请宅基地的，不予批准。可见，村民出租、出售房屋，法律并无禁止性规定。既然可以出租、出售，举重以明轻，那么用于抵押也应当许可。否定说担心农村将宅基地上的房屋抵押后，若抵押权实现，抵押人将会居无定所，似有超法律父爱主义之意味。应当相信人类的趋利避害的本能，农村的房产应当与城市的房产同样可以设定抵押，否则似有歧视农人不能处理好自身事务之嫌。
事实上，在我国许多地方，农村房产可设定抵押已经推行。根据中国人民银行、中国银行业监督管理委员会、中国证券监督管理委员会联合下发的«关于全面推进农村金融产品和服务方式创新的指导意见»(银发〔２０１０〕１９８号)文件，其中第４条规定:“探索开展农村土地承包经营权和宅基地使用权抵押贷款业务。在城镇化和农业产业化程度高的地区，金融部门要积极支持和配合当地党委和政府组织推动的农村土地承包经营权流转和农房用地制度改革，按照依法自愿有偿原则，在不改变土地集体所有性质、不改变土地用途和不损害农民土地承包权益的前提下，探索开展相应的抵押贷款试点，丰富“三农”贷款增信的有效方式和手段。根据这一规定云南省农村信用社于２０１０年年底研究制定并下发了«云南省农村信用社农村房屋抵押贷款管理暂行办法»，率先在全省进行农房抵押贷款的试点推广。除了云南外，重庆等其他地方也有类似的规定。农村房产得设定抵押应当是大势所趋。
咱家律师提醒您，经济往来无小事 借贷抵押需慎重，最好找信用好、有实力的大银行，抵押最好办理登记。如果您有有关经济方面法律问题，可以加法律咨询微信号：“ F365315”；也可以在网络上直接搜索"咱家律师"，我们将免费为您提供优质、专业的、及时的法律咨询和服务。